Ο θεσμός είχε καταργηθεί και το 2015, όμως επανήλθε αμέσως την επόμενη περίοδο.
Το μπάχαλο που επικρατεί με τη διοργάνωση του Κυπέλλου που θα συμμετέχουν οι ερασιτεχνικές ομάδες δεν έχει τελειωμό. Ο θεσμός του Κυπέλλου της Γ' Εθνικής που δημιουργήθηκε το 2013 έπειτα από τη κατάργηση της επαγγελματικής Γ΄ Εθνικής, ώστε οι ερασιτεχνικές ομάδες της Γ΄ Εθνικής να αγωνίζονται μεταξύ τους σε μια διοργάνωση κυπέλλου πιο ανταγωνιστική από τα κύπελλα των τοπικών ενώσεων, για ακόμη μία φορά καταργείται, με τους ανθρώπους της ΕΠΟ όπως φαίνεται να μην ξέρουν τι θέλουν. Με ενημέρωση της ΕΠΟ στο Κύπελλο Ερασιτεχνών που θα διεξαχθεί την αγωνιστή περίοδο 2017-2018, θα συμμετέχουν και οι ομάδες της Γ' Εθνικής, από την 1η Φάση μέσω των οικείων Ενώσεών τους.
Επομένως η Κυπελλούχος Γ' Εθνικής ΑΕ Καραϊσκάκης και ο Σκουφάς Κομποτίου θα πρέπει να δηλώσουν κανονικά συμμετοχή στο Κύπελλο ΕΠΣ Άρτας έως την Τετάρτη 23 Αυγούστου και θα συμμετέχουν κανονικά στην Α' Φάση. Σε περίπτωση που η ΑΕ Καραϊσκάκης έως τον πρώτο αγώνα δεν έχει ολοκληρώσει τους αγώνες κατάταξης για άνοδο στην Football League (αν δηλώσει συμμετοχή και καταθέσει την εγγυητική) o αγώνας Κυπέλλου της θα αναβληθεί και θα γίνει σε μεταγενέστερη ημερομηνία. Σε περίπτωση ανόδου στη Football League η ομάδα που θα κληρωθεί με την ΑΕ Καραϊσκάκης θα περάσει απευθείας στην Β' φάση του Κυπέλλου.
Τέλος, το Κύπελλο της ΕΠΣ Άρτας πρέπει να έχει ολοκληρωθεί το αργότερο μέχρι την Κυριακή 18 Μαρτίου 2018.
Κυπελλούχοι Γ' Εθνικής
- 2013-2014 ΑΕ Λάρισας
- 2014-2015 ΑΟ Τρίκαλα
- 2015-2016 Δεν διεξήχθη
- 2016-2017 ΑΕ Καραϊσκάκης
